在与 Rowan 共事的四年里，Clayton 帮助改组了董事会，并推动公司扩张。公司股价上涨了两倍。「Clayton 在指导公司转型方面功不可没。」 阿波罗董事会成员、前宾夕法尼亚州参议员 Pat Toomey 说。
特朗普没等 Clayton 到纽约南区检察官办公室上任，就已经开始对该办公室施加自己的影响。
新政府任命 Danielle Sassoon—— 一位拥有出色保守派资历的检察官 —— 在 Clayton 获得参议院确认前临时领导该办公室。但她很快面临压力，被要求撤销对市长 Adams 的高调起诉。她选择了辞职，其他检察官也纷纷离职，包括被同事亲切称为 「美国队长」 的特种部队退伍军人 Hagan Scotten。
Scotten 在辞职信中提到，司法部最终会找到 「足够愚蠢或足够怯懦的人」 来撤诉。当时的代理副司法部长 Emil Bove 最终不得不亲自出马，才完成了撤诉。Clayton 向亲信预测，在 6 月纽约市长初选后，Adams 案将不再是问题。Adams 本人则否认有任何不当行为。
摘自 Scotten 的辞职信
「Jay 对纽约南区检察官办公室会有好处，特别是在动荡时期。」 前曼哈顿联邦检察官 Nicole Friedlander 说，「他不会像一头闯进瓷器店的公牛那样对别人的工作指手画脚。」
该办公室还有其他动荡因素。政府官员警告称，可能会解雇处于试用期的助理美国检察官，其他检察官被告知可能需要前往美国边境处理移民案件。至少一名参与纽约南区对 Ross Ulbricht 案件的检察官在特朗普赦免这位丝绸之路创始人后收到了威胁，特朗普称起诉他的人是 「人渣」 和 「疯子」。辩护律师们则通过游说副司法部长办公室进行干预，攻击纽约南区的其他案件。
「令人深感不安的是，规范在持续被侵蚀。」 前纽约州州长 Eliot Spitzer 说，「这仅仅是第 83 个例证。」
特朗普去年在一个会议发表演讲时，听众举着写有 「释放 Ross」 的标语。来源：法新社
对 Clayton 的一个常见批评是他缺乏起诉经验，而这通常是担任该职位的先决条件。
曾在美国证券交易委员会与他共事的 Bob Stebbins 表示，这种批评毫无根据。他将 Clayton 与他在剑桥大学篮球队短暂担任队长的经历作了类比，Clayton 本人曾称这是他履历中 「最不可信的部分」。
「他不是一个出色的射手，个子也不高，」 斯特宾斯说，「但他是一位优秀的领导者。」
纽约南区检察官办公室现任负责人 Matthew Podolsky 自选举以来已经换了四个不同的头衔。他曾是《哈佛讽刺》的编辑，以处理高风险的华尔街案件而闻名，现在正领导着一个伤痕累累的办公室。